Protein–RNA interactions for Protein: P09429

HMGB1, High mobility group protein B1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB1P09429 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HMGB1P09429 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HMGB1P09429 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
HMGB1P09429 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
HMGB1P09429 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HMGB1P09429 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
HMGB1P09429 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC27.56■■■□□ 2
HMGB1P09429 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HMGB1P09429 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HMGB1P09429 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
HMGB1P09429 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HMGB1P09429 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HMGB1P09429 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HMGB1P09429 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
HMGB1P09429 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
HMGB1P09429 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HMGB1P09429 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
HMGB1P09429 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HMGB1P09429 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC27.55■■■□□ 2
HMGB1P09429 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HMGB1P09429 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HMGB1P09429 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HMGB1P09429 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
HMGB1P09429 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
HMGB1P09429 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HMGB1P09429 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
HMGB1P09429 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HMGB1P09429 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HMGB1P09429 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HMGB1P09429 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HMGB1P09429 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HMGB1P09429 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HMGB1P09429 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
HMGB1P09429 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
HMGB1P09429 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HMGB1P09429 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
HMGB1P09429 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HMGB1P09429 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HMGB1P09429 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
HMGB1P09429 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
HMGB1P09429 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
HMGB1P09429 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
HMGB1P09429 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
HMGB1P09429 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
HMGB1P09429 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
HMGB1P09429 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms