Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
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