Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV6

TRIM55, Tripartite motif-containing protein 55, humanhuman

Predictions only

Length 548 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM55Q9BYV6 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 SPEG-205ENST00000396698 3379 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 SERPINA3-203ENST00000467132 2660 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 ZFR2-201ENST00000262961 4756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
TRIM55Q9BYV6 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 SPTLC2-201ENST00000216484 8170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 SNX18-202ENST00000343017 3140 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 PPL-205ENST00000590782 5845 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 TMED5-202ENST00000370282 6104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 WIZ-207ENST00000599910 4609 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM55Q9BYV6 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.5 ms