Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
TFF3Q07654 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
TFF3Q07654 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
TFF3Q07654 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
TFF3Q07654 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
TFF3Q07654 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC13.9□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
TFF3Q07654 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.5 ms