Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.6 ms