Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 FAM163A-201ENST00000341785 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC245052.4-201ENST00000452097 4158 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SOGA3-201ENST00000465909 3756 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CCDC32-201ENST00000358005 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ZFAND6-222ENST00000613266 1729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CNNM2-203ENST00000433628 3857 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC005840.4-201ENST00000541242 2494 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 OS9-204ENST00000389146 2091 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PRRT2-202ENST00000358758 2567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AGBL3-202ENST00000435976 2495 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CHRNB4-201ENST00000261751 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 GAP43-201ENST00000305124 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PDP1-201ENST00000297598 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DBF4-201ENST00000265728 3907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ANKLE1-201ENST00000394458 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TATDN3-202ENST00000366974 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 EXT1-201ENST00000378204 8270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 EOMES-201ENST00000295743 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms