Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.8 ms