Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHFRQ96EP1 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHFRQ96EP1 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.7 ms