Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.9 ms