Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 REEP3-201ENST00000373758 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TTLL13P-202ENST00000438251 2738 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 MBD1-212ENST00000585672 2532 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 MALSU1-202ENST00000466681 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FLI1-207ENST00000534087 3859 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 MIRLET7BHG-203ENST00000435439 2264 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 XPO6-201ENST00000304658 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FAM149B1-201ENST00000242505 5408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms