Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 VCPKMT-201ENST00000395859 795 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AL139420.1-201ENST00000439394 653 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AL358393.1-201ENST00000456771 532 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 MIR3619-201ENST00000579667 83 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 PSMG3-203ENST00000404674 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 BX284668.4-201ENST00000453917 508 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AC007406.3-201ENST00000537295 1063 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AC006001.1-201ENST00000325130 474 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 NUDT1-203ENST00000356714 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 NUDT1-204ENST00000397046 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AC007274.2-201ENST00000421675 662 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AC008736.2-201ENST00000587554 516 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 NUDT1-202ENST00000343985 771 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 ACTBP8-201ENST00000403258 1108 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A4P53420 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.7 ms