Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN3AQ9NY46 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN3AQ9NY46 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms