Protein–RNA interactions for Protein: Q9HC56

PCDH9, Protocadherin-9, humanhuman

Predictions only

Length 1,237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH9Q9HC56 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCDH9Q9HC56 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
PCDH9Q9HC56 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCDH9Q9HC56 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms