Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC27.49■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NUP88Q99567 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NUP88Q99567 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms