Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USF3Q68DE3 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.3 ms