Protein–RNA interactions for Protein: Q53GD3

SLC44A4, Choline transporter-like protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 710 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC44A4Q53GD3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SLC44A4Q53GD3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.4 ms