Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 TP53BP1-203ENST00000382044 10384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.7□□□□□ -0.76e-7■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 TP53BP1-202ENST00000382039 6015 ntTSL 5 BASIC9.86□□□□□ -0.836e-7■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 NUP133-201ENST00000261396 5207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.433e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 WDR60-203ENST00000444851 2769 ntTSL 1 (best)17.39■□□□□ 0.373e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 WDR60-202ENST00000407559 3769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.33e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 WDR60-205ENST00000467220 5410 ntTSL 216.3■□□□□ 0.23e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 TXNIP-201ENST00000425134 1225 ntTSL 2 BASIC7.27□□□□□ -1.251e-28■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ITIH2-202ENST00000379587 2848 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.587e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ITIH2-201ENST00000358415 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.637e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-210ENST00000417080 2113 ntTSL 1 (best)13.71□□□□□ -0.213e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-206ENST00000409635 2109 ntTSL 5 BASIC12.01□□□□□ -0.493e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-219ENST00000456655 1861 ntTSL 1 (best)11.51□□□□□ -0.573e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-209ENST00000415955 1896 ntTSL 1 (best)10.62□□□□□ -0.713e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-213ENST00000428760 1989 ntTSL 1 (best)10.23□□□□□ -0.773e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-203ENST00000392544 1919 ntTSL 1 (best) BASIC10.21□□□□□ -0.773e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-211ENST00000421438 1966 ntTSL 1 (best)9.71□□□□□ -0.863e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-214ENST00000429579 2081 ntTSL 1 (best)9.7□□□□□ -0.863e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-205ENST00000409499 801 ntTSL 1 (best) BASIC8.65□□□□□ -1.023e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-215ENST00000435004 1115 ntTSL 57.74□□□□□ -1.173e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-212ENST00000426833 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.58□□□□□ -1.23e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-202ENST00000345739 4079 ntTSL 1 (best) BASIC7.36□□□□□ -1.233e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-201ENST00000264110 4176 ntTSL 1 (best) BASIC7.26□□□□□ -1.253e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-221ENST00000538946 1325 ntTSL 5 BASIC4.92□□□□□ -1.623e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ATF2-204ENST00000409437 3697 ntTSL 5 BASIC3.78□□□□□ -1.83e-6■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.67■■■■□ 3.783e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.01■■■■□ 3.683e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.413e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 HMGB1-202ENST00000339872 2319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.423e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 HMGB1-206ENST00000405805 4199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.033e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 HMGB1-203ENST00000341423 5485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.68□□□□□ -0.73e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 TRIM25-209ENST00000574997 440 ntTSL 38.61□□□□□ -1.033e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 TRIM25-206ENST00000572550 519 ntTSL 57.99□□□□□ -1.133e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 HMGB1-204ENST00000399489 1727 ntTSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.63e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 HMGB1-201ENST00000326004 821 ntTSL 3 BASIC4.43□□□□□ -1.73e-11■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 ABHD5-207ENST00000486764 618 ntTSL 227.12■■□□□ 1.935e-9■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 ABHD5-203ENST00000454293 464 ntTSL 326.75■■□□□ 1.875e-9■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 ABHD5-204ENST00000456453 876 ntTSL 418.22■□□□□ 0.515e-9■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 KCTD13-201ENST00000308768 1685 ntTSL 228.68■■■□□ 2.184e-7■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.744e-7■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 KCTD13-206ENST00000566842 1860 ntTSL 225.74■■□□□ 1.714e-7■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 KCTD13-203ENST00000563264 440 ntTSL 214.9□□□□□ -0.024e-7■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 KCTD13-205ENST00000566413 264 ntTSL 214.49□□□□□ -0.094e-7■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 KCTD13-209ENST00000568995 601 ntTSL 514.08□□□□□ -0.164e-7■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 AC120114.2-201ENST00000567795 2272 ntBASIC10.83□□□□□ -0.684e-7■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 RALGAPA1-210ENST00000554704 2698 ntTSL 29.29□□□□□ -0.924e-7■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 ADGRA3-210ENST00000511051 682 ntTSL 37.34□□□□□ -1.234e-7■■■■□ 22.6
U2AF1Q01081 MTHFD1L-210ENST00000478643 421 ntTSL 313.38□□□□□ -0.273e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 EML4-207ENST00000480320 1932 ntTSL 26.47□□□□□ -1.372e-21■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.773e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.683e-12■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.663e-12■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.351e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.331e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-209ENST00000563185 401 ntTSL 528.77■■■□□ 2.21e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-221ENST00000569388 562 ntTSL 528.4■■■□□ 2.141e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-213ENST00000564040 536 ntTSL 527.95■■■□□ 2.061e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 21e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.983e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-204ENST00000421787 1924 ntTSL 227.03■■□□□ 1.923e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 EGFL8-221ENST00000432129 825 ntTSL 527.02■■□□□ 1.923e-12■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.863e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.831e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-212ENST00000563419 649 ntTSL 426.4■■□□□ 1.821e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-220ENST00000569348 567 ntTSL 426.4■■□□□ 1.821e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-214ENST00000565535 580 ntTSL 526.38■■□□□ 1.811e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-208ENST00000562757 585 ntTSL 226.38■■□□□ 1.811e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.571e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.543e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-201ENST00000028008 1220 ntTSL 524.63■■□□□ 1.533e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-207ENST00000478180 963 ntTSL 524.13■■□□□ 1.453e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-218ENST00000567743 1460 ntTSL 1 (best)23.7■■□□□ 1.381e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.351e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 CXorf40B-207ENST00000497550 591 ntTSL 522.76■■□□□ 1.231e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.23e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 EGFL8-224ENST00000489721 455 ntTSL 222.24■■□□□ 1.153e-12■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.124e-11■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-202ENST00000358165 2445 ntTSL 222.03■■□□□ 1.123e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 CXorf40B-206ENST00000483447 808 ntTSL 520.84■□□□□ 0.931e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 PPT2-EGFL8-203ENST00000428388 2878 ntAPPRIS P5 TSL 220.2■□□□□ 0.823e-12■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 EGFL8-222ENST00000466239 2441 ntTSL 219.96■□□□□ 0.793e-12■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.741e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 CXorf40B-204ENST00000370409 1129 ntTSL 519.45■□□□□ 0.71e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 OSGEP-207ENST00000555223 773 ntTSL 519.39■□□□□ 0.694e-11■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 PPT2-EGFL8-202ENST00000422437 4181 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.43e-12■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 CXorf40B-203ENST00000370406 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.391e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 CBR4-202ENST00000504480 1602 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.361e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 ADGRL1-206ENST00000591528 612 ntTSL 217.25■□□□□ 0.351e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 ADGRL1-201ENST00000340736 7853 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.281e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 OSGEP-210ENST00000556124 1546 ntTSL 516.25■□□□□ 0.191e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 CBR4-207ENST00000510042 1198 ntTSL 215.75■□□□□ 0.111e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 OSGEP-206ENST00000554915 586 ntTSL 215.74■□□□□ 0.111e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 OSGEP-209ENST00000555785 464 ntTSL 313.89□□□□□ -0.191e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-209ENST00000499370 2164 ntTSL 213.85□□□□□ -0.193e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 AUP1-203ENST00000462297 457 ntTSL 313.3□□□□□ -0.281e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 RNASET2-208ENST00000496851 881 ntTSL 513.19□□□□□ -0.33e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 OSGEP-204ENST00000554249 987 ntTSL 212.94□□□□□ -0.341e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-205ENST00000561579 728 ntTSL 512.37□□□□□ -0.431e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 TP53BP1-208ENST00000434561 613 ntTSL 312.29□□□□□ -0.441e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 TP53BP1-212ENST00000476454 2222 ntTSL 212.1□□□□□ -0.471e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 CBR4-203ENST00000504561 1052 ntTSL 511.74□□□□□ -0.531e-6■■■■□ 22.5
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 49.7 ms