Protein–RNA interactions for Protein: P58872

RHBDL3, Rhomboid-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDL3P58872 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
RHBDL3P58872 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC28.02■■■□□ 2.08
RHBDL3P58872 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
RHBDL3P58872 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.1 ms