Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
BRCA1P38398 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
BRCA1P38398 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms