Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 TCAIM-201ENST00000342649 3687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
BRPF3Q9ULD4 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
BRPF3Q9ULD4 CNTNAP3P2-201ENST00000617175 3861 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
BRPF3Q9ULD4 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
BRPF3Q9ULD4 LTBP3-221ENST00000532932 3327 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
BRPF3Q9ULD4 SPATA7-203ENST00000393545 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
BRPF3Q9ULD4 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 KLHDC8A-202ENST00000367156 3177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 RSPH9-201ENST00000372163 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3-201ENST00000578492 2732 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC19.52■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 KCNT1-207ENST00000487664 3845 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 GAS2L2-203ENST00000618498 2655 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 PVR-203ENST00000403059 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 BTN1A1-201ENST00000244513 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 KCTD3-201ENST00000259154 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 MARS-201ENST00000262027 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 TMPRSS9-201ENST00000332578 3331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 RSPH9-202ENST00000372165 2586 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 DPYSL4-201ENST00000338492 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 TMPRSS6-204ENST00000406856 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AC010247.2-201ENST00000559786 1955 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 STX18-AS1-207ENST00000610009 2406 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
BRPF3Q9ULD4 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms