Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AHCYL2-202ENST00000446544 5026 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NBEA-203ENST00000379939 10738 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CTXND1-201ENST00000560778 6890 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PDE4A-203ENST00000380702 4781 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MYO3A-201ENST00000265944 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ADAMTS15-201ENST00000299164 5673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SMARCA2-203ENST00000349721 5761 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NTRK2-202ENST00000304053 8226 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms