Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
LIM2P55344 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LIM2P55344 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms