Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 APAF1-201ENST00000333991 4539 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.3 ms