Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms