Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 IFITM5-201ENST00000382614 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC253536.4-201ENST00000440539 267 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 LINC00642-202ENST00000442515 670 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MEMO1-204ENST00000407893 682 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AL157902.1-202ENST00000425010 763 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AL160290.2-201ENST00000448347 831 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 REEP1-202ENST00000453231 940 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC007406.3-201ENST00000537295 1063 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC104982.3-201ENST00000581995 514 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 RPS2P36-201ENST00000456516 831 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AC091804.1-201ENST00000486888 567 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 PGAP2-224ENST00000490830 810 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ZNF596-213ENST00000640035 1163 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 DUSP13-208ENST00000478873 1335 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52 ms