Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TBC1D24-205ENST00000567020 6673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 KIF3A-202ENST00000378746 6325 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 SPAG9-201ENST00000262013 8273 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PAK6-202ENST00000455577 4215 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 C5orf30-202ENST00000510890 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VMP1Q96GC9 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms