Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.5 ms