Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms