Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.6 ms