Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.1 ms