Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms