Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC30.3■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC30.3■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
CCDC87Q9NVE4 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC87Q9NVE4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC87Q9NVE4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms