Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CHMP4CQ96CF2 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHMP4CQ96CF2 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CHMP4CQ96CF2 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms