Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC112Q8NEF3 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms