Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USF3Q68DE3 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USF3Q68DE3 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms