Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TNFRSF4P43489 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TNFRSF4P43489 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
TNFRSF4P43489 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TNFRSF4P43489 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TNFRSF4P43489 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TNFRSF4P43489 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.5 ms