Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
MSH2P43246 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
MSH2P43246 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
MSH2P43246 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
MSH2P43246 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
MSH2P43246 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
MSH2P43246 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
MSH2P43246 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
MSH2P43246 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
MSH2P43246 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
MSH2P43246 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
MSH2P43246 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
MSH2P43246 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
MSH2P43246 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
MSH2P43246 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
MSH2P43246 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
MSH2P43246 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
MSH2P43246 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
MSH2P43246 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
MSH2P43246 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
MSH2P43246 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MSH2P43246 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MSH2P43246 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MSH2P43246 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MSH2P43246 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MSH2P43246 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSH2P43246 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSH2P43246 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSH2P43246 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSH2P43246 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSH2P43246 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSH2P43246 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSH2P43246 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSH2P43246 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
MSH2P43246 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSH2P43246 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
MSH2P43246 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSH2P43246 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSH2P43246 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSH2P43246 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSH2P43246 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSH2P43246 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSH2P43246 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSH2P43246 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
MSH2P43246 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSH2P43246 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
MSH2P43246 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSH2P43246 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
MSH2P43246 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSH2P43246 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSH2P43246 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSH2P43246 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSH2P43246 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSH2P43246 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
MSH2P43246 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
MSH2P43246 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
MSH2P43246 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
MSH2P43246 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
MSH2P43246 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
MSH2P43246 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
MSH2P43246 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
MSH2P43246 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
MSH2P43246 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
MSH2P43246 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
MSH2P43246 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
MSH2P43246 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSH2P43246 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSH2P43246 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSH2P43246 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSH2P43246 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSH2P43246 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSH2P43246 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSH2P43246 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSH2P43246 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MSH2P43246 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSH2P43246 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSH2P43246 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSH2P43246 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSH2P43246 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSH2P43246 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSH2P43246 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSH2P43246 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSH2P43246 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
MSH2P43246 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSH2P43246 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSH2P43246 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSH2P43246 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSH2P43246 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSH2P43246 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSH2P43246 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSH2P43246 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSH2P43246 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSH2P43246 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MSH2P43246 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
MSH2P43246 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
MSH2P43246 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
MSH2P43246 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
MSH2P43246 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
MSH2P43246 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
MSH2P43246 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 107.7 ms