Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
BRCA1P38398 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
BRCA1P38398 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
BRCA1P38398 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
BRCA1P38398 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100 ms