Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL5A1P20908 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
COL5A1P20908 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms