Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC41.74■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC41.74■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.74■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC41.73■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC41.73■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC41.73■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC41.73■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC41.72■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC41.71■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC41.71■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC41.71■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC41.71■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.71■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.7■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC41.7■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.7■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.7■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC41.7■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41.7■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.7■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC41.7■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.69■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.69■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC41.69■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.69■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC41.69■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC41.69■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC41.69■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.68■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41.68■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC41.68■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC41.68■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC41.68■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC41.68■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.68■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC41.67■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.67■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.67■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC41.66■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.66■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.66■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.66■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC41.65■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.64■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC41.64■■■■■ 4.26
CCDC88BA6NC98 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC41.63■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.63■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC41.62■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC41.61■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC41.61■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC41.61■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.6■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC41.6■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.6■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC41.6■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.59■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.59■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC41.59■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC41.58■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC41.58■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.58■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC41.57■■■■■ 4.25
CCDC88BA6NC98 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC41.57■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.57■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.56■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.56■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC41.56■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.55■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC41.55■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.55■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC41.54■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC41.54■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.54■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC41.54■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC41.54■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC41.54■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC41.54■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.54■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC41.53■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC41.53■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC41.53■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC41.53■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC41.53■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.53■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC41.53■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.53■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41.52■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC41.52■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC41.52■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC41.52■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.52■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.52■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.52■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.51■■■■■ 4.24
CCDC88BA6NC98 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.5■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41.5■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.5■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.49■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.49■■■■■ 4.23
CCDC88BA6NC98 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.48■■■■■ 4.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms