Protein–RNA interactions for Protein: Q9HBJ7

USP29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, humanhuman

Predictions only

Length 922 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP29Q9HBJ7 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP29Q9HBJ7 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP29Q9HBJ7 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms