Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
HOXD4P09016 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 HBP1-201ENST00000222574 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
HOXD4P09016 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
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