Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
NUP88Q99567 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms