Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIM2P55344 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.2 ms