Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SDC1P18827 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms