Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 THRA-203ENST00000450525 4895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SUCO-204ENST00000608151 5790 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms