Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
TRIM28Q13263 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
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