Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
CHD3Q12873 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.16
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