Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.87
CHMP3Q9Y3E7 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms