Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
DKK3Q9UBP4 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms